La Facultad de Teología inició sus actividades el 11 de enero de 1948 con el nombre de “Escuela de Teología Juan Calvino”. Su comienzo bajo la dirección del pastor presbiteriano Dr. Felipe Delgado Cortés, coincidía con el establecimiento, por él y otros destacados calvinistas mexicanos, de la Iglesia Presbiteriana Independiente de México (I.P.I.M.), una nueva denominación con miras a un más amplio y consistente avance en el país de las doctrinas de la Reforma eclesiástica del Siglo XVI. Contaba así con profesores nacionales de alta calidad espiritual, intelectual y moral.